樣本盛裝方式 - 中央研究院國家基因體醫學研究中心-Welcome ...

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樣本濃度=2.5 ng/μL(請以純水稀釋)。

體積需求:精確的送樣體積計算,須以primer設計後的分組組數來計算,以ABgene plate盛裝樣本進行iPlex鑑定,則體積需求計算公式= 29+ ...            HOME|ENGLISH SNPGenotypingbySequenom AffymetrixGenotypingArray NextGenerationSequencing STRPGenotyping SampleManagement StatisticalAnalysis BioIT 國家基因體醫學研究中心2020服務說明會 2020/11/27 more   國家基因體醫學研究中心將於2021年8月2日起新增、取消及調漲部分服務項目2021/7/5 2021/07/05 more        SNPGenotypingbySequenom>樣本送樣需知   DNA萃取方式 由於DNA品質影響實驗成功率甚鉅,依據Sequenom平台的使用手冊,NCGM建議用戶使用Gentra Systems的「Puregene® DNAPurification Kits」進行DNA的萃取,並以純水稀釋樣本(請勿使用含有EDTA的溶液稀釋樣本)。

樣本的OD值(A260/280)應介於1.7~2.0,為確認樣本品質,建議用戶以凝膠電泳確認粹取後的DNA品質。

樣本濃度及體積需求 樣本濃度=2.5ng/μL(請以純水稀釋)。

體積需求:精確的送樣體積計算,須以primer設計後的分組組數來計算,以ABgene plate盛裝樣本進行iPlex鑑定,則體積需求計算公式=29+5μl*N組assay。

最小送樣體積為63μL(可進行樣本QC及2組assay),最大送樣體積為130μL。

一般而言送樣130μL(0.325μg)的樣本,以iplex設計primer約可滿足200~300SNPs鑑定的體積需求。

建議在第一次進行SNP鑑定時,便將之後所需的樣本量一次送齊,一年內可直接進行其他SNP鑑定,不需再另外補送樣本,節省樣本QC的費用。

其他詳細的計算規則請參考使用手冊第二章.SNP鑑定服務樣本條件。

樣本盛裝方式: 為符合NCGM的液體分注儀,請使用ABgene96wellplate(產品型號AB1058,可洽代理商艾詥)。

樣本體積最多為130μL。

請將每盤的H11及H12兩個well空出作為NCGMpositivecontrol及negativecontrol使用,請勿加水。

請使用封片膜將well封好,避免蒸發或運送過程不慎打翻溢出造成相互污染(建議使用3Mseal黏性較佳且抗凍,可洽廠商紫外光),並於樣本盤之側邊標示樣本盤之盤名,此盤名需與申請送樣時所上傳之samplesheet檔案中的盤號相同,以利NCGM簽收樣本時確認該樣本。

使用鈍端物體(如擦手紙或eppendorftube前端)。

將well邊緣確實壓緊如紅框處,避免樣本外漏。

將密封完成的樣本盤,放入冰箱,待冷凍後寄送。

樣本運送方式 如果為長途運送建議冷凍保存,以免運送過程中打翻導致樣本交叉汙染。

若以宅配寄送,寄送地址請寫台北市南港區研究院路二段128號中研院生物醫學科學研究 所N520室SNP組收。

樣本存放規定 由於低樣本濃度(2.5ng/ul)及以水稀釋(不含EDTA)的樣本不利長期保存,且進行實驗時,將可能多次解凍/冰凍樣本,送樣時,請評估未來所需的樣本量,勿寄送過量存放至NCGM,以免珍貴的樣本於此條件下,因長期存放而品質降解,NCGM將無法保證長期存放的樣本品質。

若您欲存放大量的樣本於NCGM,進行多次的SNP基因型鑑定實驗,將在樣本盤送達NCGM時進行一次樣本QC,並建議您於1年內最多分4次(4份送樣表單)來完成實驗,以確保您的樣本品質。

由於送樣條件下之樣本不易長期保存且實驗後剩餘量不多,因此剩餘樣本將不退還給用戶,若樣本取得不易,請精算實驗所需體積,勿送過多樣本。

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