qPCR 引物篇04 ------ BioTNT 引物筛选/primer 浓度的说明
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1 O.D.260 值相当于33ug的oligo (国际统一标准),而每个碱基的平均分子量一般以330道尔顿进行计算。
客户可根据此数据和oligo的分子量得到摩尔数以计算溶液浓度。
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技术宝典—qPCR
qPCR引物篇04------BioTNT引物筛选/primer浓度的说明
BioTNT关于引物浓度的使用说明
引物primers 分为以下三种:
1、合成的干粉引物:
合成的干粉引物,浓度一般为2OD;是以O.D.260单位来计量的。
1O.D.260值系指在1ml体积1cm光程标准比色皿中,于260nm波长下的吸光度为1A260。
1O.D.260值相当于33ug的oligo(国际统一标准),而每个碱基的平均分子量一般以330道尔顿进行计算。
客户可根据此数据和oligo的分子量得到摩尔数以计算溶液浓度。
分子量计算公式如下:
MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61
摩尔数的计算公式如下:
nmol数 = O.D.值×33(ug)÷1000MW
例:序列GTTGAGTGCTGGGCGTAG, OD260值为2,加1000ul消毒双蒸水溶解:
A=2 C=2 G=9 T=5
MW=(2×312)+(2×288)+(9×328)+(5×303)-61=5606
质量数=2×33ug=66ug
nmol数=66×1000÷5606=11.77nmol
● Oligo呈干粉状黏附在试管壁上,打开时极易散失,所以开试管前应先离心,然后小心打开管盖.配液时请加入适量双蒸水溶解,充分振荡5-10分钟。
● 本核苷酸的5’和3’端均为羟基,若需加连磷酸基团,则需另外处理。
● 如对oligo进电泳分析,请用含7M尿素的聚丙烯酰胺凝胶电泳和1倍TBE缓冲液,不可使用琼酯糖电泳。
为了防止加样时的扩散和二级结构影响,上样前需用饱和尿素处理。
● -20℃以下长期保存。
举例:引物合成单上标注10nmol;可以用100ul的水复溶,得到100umol/l浓度的储存液;
2、部分实验室使用的引物工作液浓度:
部分实验室习惯将引物工作浓度定为10umol/l;即在干粉引物复溶后的储存浓度100umol/l的基础上稀释10倍,得到10umol/l的工作浓度;
进行PCR反应时,通常在10ul体系中加入0.2ul上游引物,0.2ul的下游引物,得到200nmol/l的终浓度;或者在10ul体系中加入0.4ul上游引物,0.4ul的下游引物,得到400nmol/l的终浓度;
优点:引物工作浓度较高,可以作为储存浓度;
缺点:使用时加样体积过小,容易产生较大的加样系统误差;
3、BioTNT引物筛选提供的引物浓度:
BioTNT为了方便客户使用,提供的引物浓度为2umol/l,在终反应体系里是10*的浓度,即20ul体系中,上游引物加入2ul,下游引物加入2ul。
其他内容请参考:
http://www.BioTNT.com/news/news_162.htm
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