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我國特殊教育主管機關之行政體系，在中央為教育部，在直轄市為直轄市政府，在縣（市）則為縣（市）政府。

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1.中央： 102年度教育部為提升特殊教育的服務品質，使各項業務得以順利推展，因此，將特殊教育工作組織編制為「學生事務及特殊教育司」及「國民及學前教育署」。

其中「學生事務及特殊教育司」下設特殊教育科，負責相關大專校院之特殊教育政策規劃、法規研修等特教工作之推動和督導；「教育部國民及學前教育署」於原住民族與少數族群及特殊教育組下設特殊教育科，負責高級中等以下學校特殊教育之法規研修及政策規劃，與經費補助及督導。

2.地方： 直轄市及縣（市）政府教育局（處），下設特殊教育科（部分縣市未獨立設科，大多與學前幼教業務合併在一起），負責授權法規之研修及政策規劃，並督導轄內中等以下教育階段所屬學校特殊教育之推動。

搜尋 公告日期 文章標題 2017.12.13 組織架構圖 2017.12.13 教育部學生事務及特殊教育司/特殊教育科 2017.12.13 教育部國民及學前教育署/原住民族與少數族群及特殊教育組/特殊教育科 2017.09.19 縣市教育局/處特教科